L'esistenza delle Grotte di Montenero si perde nella notte dei tempi.... Sembra che siano state rifugio di briganti già nel 1345, all'epoca dell'Apparizione della Vergine di Montenero. Da allora esiste nei pressi del Santuario, una via detta "Via delle grotte" o "La grotta". Si comincia a parlare in modo più accurato e approfondito delle grotte verso il 1920, quando una ditta di escavazione per marna di cimento, ottiene la concessione per l'estrazione della pietra. In questo periodo molte grotte vengono chiuse, altre prolungate, altre ancora aperte ex-novo. Durante la seconda guerra mondiale, le grotte vennero usate come rifugio antiaereo. Risalgono al 1971 le vaste opere di risanamento, di consolidamento e di sistemazione del sacro colle; fu proprio durante questi lavori che tornarono alla luce grotte che non si pensava più di ritrovare. Nel corso di questi lavori è stato possibile rintracciare la presenza di acqua scaturita dalla pietra viva e che opportune analisi hanno dichiarato potabile e con buone caratteristiche oligominerali.